도교육청의 혁신학교 선정에 대해 잡음이 끊이질 않고 있다.  일부 지역에서는 ‘선정대상 학교가 이미 내정되었었던 것이 아니냐라는 의혹제기에서 부터 모 교육단체들의 교육감 선거지원에 대한 보은행정이라는 비판까지 받고 있다

일부혁신학교는 공교육의 기반과 충돌하는 특정적인 대안교육의 일환으로 추진되고 있다는 비판도 제기되고 있는 상황이다.  

진안 장승초등학교의 선정자체가 평가가 아닌 교육감의 지정학교로 선정되었고 진안의 전교조 소속 교사들을 중심으로 추진되어온 터라 선정을 위해 함께 경쟁해왔던 다른 학교 학부모들의 반발을 사고 있다. 

다른 학교의 전교조 소속 교사들이 장승초등학교로 전근신청을 내면서 일찌감치 혁신학교의 선정을 기정사실화하기 까지 했으며 현지 학생중심이 아닌 도시학교의 학생들과 진안읍내 학생들을 데려와 학교를 운영하겠다는 입장이어서 도시학생들의 수월성 대안교육을 위해 폐교대상의 학교를 혁신학교라는 명분으로 사실상 교육청에서 재정을 지원받는  기숙형 공립 대안학교를 운영하려는 것이 아니냐는 의혹도 사고 있다.

더 큰 문제는 혁신학교 발표도 나기 전에 진안의 지역신문에 진안에서 김승환 교육감의 선거에서 중책을 맡았던 사람에 의해 마치 장승초등학교가 선정된 것처럼 기고문이 실렸으며 진안 오천초등학교가 혁신학교를 신청한다고 하자 장승초등학교가 선정될테니 괜히 힘빼지 말라는 이야기를 들었다고 오천초 학부모들은 밝히고 있다.

오천초 학부모 이씨는 "김승환 교육감에게 사전 내정설에 대해 하소연하는 편지를 보냈더니 김승환 교육감이 직접 전화를 걸어와 자신의 소신은 투명하고 공정함이라며 이씨의 편지를 선정위원들에게 첨부하여 의견이 반영되게 하겠다는 약속까지 받았는데 막상 소문이 사실이 되고보니 의문을 갖지 않을 수 없다”고 주장했다.

이씨는 오천초에 전교조 소속 교사들이 없음을 지적하며 "전교조 교사들이 김승환 교육감보다 힘이 쎄냐"며 "폐교위기를 극복하기위해 교장선생님 및 선생님 그리고 우리 학부모들이 함께 노력해왔는데 너무 실망스럽고 원망스럽다"고 심정을 밝혔다.

혁신학교 선정경쟁을 펼쳤던 오천초는 진안 읍에서 장수읍 방향으로 전주와 거리가 멀고 장승초는 진안읍에서 전주시 방향에 위치하고 있어 출퇴근 거리에 따라 전근신청을 하고 혁신학교 지정에 힘을 쏟은것 아니냐라는 냉소까지 더해지고 있다.