교육과학기술부(장관 이주호)는 2012. 12. 3.부터 12. 21.까지 서남대학교(학교법인 서남학원)에 대한 특별감사를 실시하고, 2013. 1. 21.(월) 그 결과를 발표하였다.

감사결과, 서남대학교는 설립자 이홍아가 차명계좌를 이용한 교비자금 330억원 횡령, 이사회 회의록 허위 작성, 전임교원 허위 임용, 임상실습학점 이수기준시간 미충족 의대생에게 학점 및 학위 부여, 수련병원 지정기준 미충족 부속병원에서 임상실습 후 학점부여, 자격 유무가 확인되지 않은 협력병원 의사에게 파견실습 후 학점부여 등 학교운영 전반에 대해 편법적이고 불법적으로 운영하고 있는 사실이 적발되었다.

또한, 신입생 충원율*이 극히 저조하고, 전체 재적 학생수의 41.7%가 휴학생으로 휴학 후 미복학하거나 타 대학 재진학 등으로 중도 탈락률이 높아 정부 재정지원 제한대학 및 학자금대출 제한대학에 선정되지 않기 위해 대학정보를 허위로 공시하기도 하였다.
* (2010년) 33.8% → (2011년) 44.2% → (2012년) 35.5%

회계 및 전임교원 임용 관련해서는 설립자가 서남대 부속병원에 법인기획실을 설치․운영하면서 서남대 교비통장, 총장직인 및 회계직원 도장을 넘겨받아 차명계좌를 이용하여 교비 33,048,420천원을 횡령하여 개인용도 및 다른 대학 설립비용 등으로 사용하였으며 학교법인은 이사회에 출석하지 않은 이사 및 교직원을 참석한 것으로 회의록을 허위 작성하고, 이사회는 감사가 결산감사를 실시하지 않았는데도 그에 대한 확인 없이 결산을 심의․의결하였다. 이에 대해 교육과학기술부는 서남대 총장을 중징계 해임하고 교비횡령액 33,048,420천원을 설립자로부터 회수하여 교비회계에 세입조치 등을 요구하였다.

또한 정부 학자금 대출제한 대학에 선정되지 않기 위해 교원확보율을 높일 목적으로 서남대 직원 13명 및 부속병원 간호사 7명, 총 20명을 전임교원으로 허위 임용하고, 이 과정에서 강의평가 및 면접장에 오지도 않은 부속병원 간호사 7명에 대하여 허위 심사하고, 허위 임용된 7명의 인건비 311,143천원을 교비회계에서 지급하였다.
이와 관련하여 부총장을 중징계 하고 교비회계에서 지급한 인건비 311,143천원을 부속병원회계에서 교비회계로 세입조치 등을 요구하였다.

서남대학교는 부속병원에서 2009. 1. 19. ～ 2011. 8. 19.까지 54개 과목 총 13,596시간 임상실습 교육과정을 운영한 것으로 되어 있으나, 부속병원 외래 및 입원환자가 없거나 부족하여 실제 ‘임상실습 교육과정 운영가능 시간’은 8,034시간에 불과하고, ‘실습과목 학점취득을 위한 최소 이수시간’에 비해 ‘임상실습 교육과정 운영가능 시간’이 미달하는 148명에게 총 1,626학점을 부여하고 그 중 이수시간 미달 학생 134명에게 의학사 학위를 수여하였다.
또한, 부속병원이 연간 퇴원환자 실제인원 수 및 병상이용율 등이 턱없이 낮아 인턴과정 수련병원 지정기준을 충족하지 못함에도 2011. 8. 29. ～ 2012. 10. 11.까지 임상실습 교육과정을 운영하여 2개 학기동안 42명 학생에게 총 680학점을 부당 부여하였으며, 2009. 1. 19. ～ 2012. 11. 28.까지 파견실습 병원 및 임상실습 협약 체결 병원의사의 외래교수 위촉 자격 유무에 대한 확인 및 외래교수 위촉도 없이 해당 의사에게 파견실습 및 위탁실습을 전담하게 하였다. 이에 의학부장 직무대리 등 19명 중징계, ‘임상실습 교육과정 이수가능 시간’이 학점취득 최소요건에 미달한 148명에게 부여한 학점취소 및 학점취소에 따라 졸업요건을 갖추지 못한 134명의 학위를 취소, 부속병원에서 운영된 교육과정을 통해 부여한 42명의 680학점을 취소, 외래교수 위촉 없이 부여한 파견 실습과목의 학점취소 등을 요구하는 한편, 서남대 총장을 고등교육법 위반혐의로 고발 했다고 밝혔다.

이외에도 교원충원율을 허위로 높이기 위해 직원을 전임강사로 채용한 후 수업을 맡기지 않고 이전 업무를 계속하게 하고, 수업한 사실이 없는 데도 수업한 것으로 출석부 및 수업시간표를 허위로 작성하였다. 6개 학과에서 교양과목 및 전공과목 취득학점 미달자 11명에게 최저 3학점에서 최고 6학점을 총장의 사전승인 없이 대체인정하여 학사학위를 수여하였고 2013년도 정부 재정지원 제한대학 평가에서 좋은 점수를 받기 위해 2012. 4. 1. 기준 재학생 수는 2,222명에서 7,407명, 휴학생 수는 1,335명에서 0명, 재적학생 수는 3,557명에서 7,407명 등 정보공시 3개 분야(7개 항목)를 허위 공시했으며, 2009. 8. ～ 2012. 8.까지 학자금 대출제한 대학에 선정되지 않기 위해 대학정보 공시항목 중 입학전형 선발 결과, 기회균형 선발 결과, 고등학교 유형별 현황 등을 매년 허위 공시했고, 2012. 4. 1. 기준으로 2004학번 이전 학생 97명 중 91명이 미 복학하여 제적처리 대상이나 휴학생으로 관리하여 대학정보 공시 중도탈락률을 허위로 공시하였다.

교육과학기술부는 향후 시정요구 등을 거쳐 학교법인 서남학원 및 서남대학교가 정상적인 학사운영이 불가능하다고 판단되면 임원취임승인취소 및 학교폐쇄 등을 취할 예정이다.